Το Κερατσίνι ιδρύθηκε το 1923 από τους Μπίσκο και Διάτσιγκο με την ονομασία ΑΟ Νεάπολη. Υπήρξε ένα από τα τέσσερα ιδρυτικά σωματεία της ΕΠΣ Πειραιά. Το 1967 μετονομάστηκε σε Αθλητικό Ποδοσφαιρικό όμιλο Κερατσίνι. Το 1971 ανέλαβε την ομάδα ο εφοπλιστής Μιλτιάδης Μαρινάκης (πατέρας του προέδρου του Ολυμπιακού) και την επόμενη σεζόν, το Κερατσίνι ανέβηκε στη Γ’ Εθνική. Εκτοτε είχε αρκετές θητείες στην τρίτη τη τάξει κατηγορία, όπως τη διετία 1997-1999. Τελευταία του συμμετοχή ήταν τη διετία 2004-06. Τα επόμενα χρόνια αγωνίστηκε στη Δ’ Εθνική. Το 2013 επέστρεψε στα τοπικά Πειραιά, αλλά τη σεζόν 2016-17 κατέκτησε το πρωτάθλημα και προβιβάστηκε και πάλι στη Γ’ Εθνική. Στο παλμαρέ του έχει έξι Κύπελλα ΕΠΣ Πειραιά, σε επτά τελικούς.