Ο Εδεσσαϊκός ιδρύθηκε το 1960 από τη συγχώνευση τριών ομάδων της πόλης, των Άρη, Ηρακλή και Εθνικού Χρώματα της νέας ομάδας ορίστηκαν το πράσινο και το λευκό και ως σύμβολο η τρίαινα του θεού Ποσειδώνα. Το 1961-62 ανέβηκε στη Β΄ Εθνική και κατέκτησε δυο φορές το πρωτάθλημα στον όμιλό της, το 1963 και το 1965, αλλά και τις δυο φορές έχασε την άνοδο στην Α΄ Εθνική στους αγώνες κατάταξης. Συνέχισε να αγωνίζεται στη δεύτερη κατηγορία ως το 1975. Το 1975 υποβιβάστηκε στη Γ΄ Εθνική αλλά δυο χρόνια αργότερα ανέβηκε ξανά στη Β΄. Ως το 1989 ανεβοκατέβαινε στις δυο αυτές κατηγορίες. Στην Α΄ Εθνική έμεινε πέντε περιόδους, από το 1992-93 ως το 1996-97. Στη συνέχεια η πορεία ήταν… καθοδική, καθώς βρέθηκε να παίζει στο τοπικό πρωτάθλημα της ΕΠΣ Πέλλας το 2002-03. Τα επόμενα χρόνια μέτρησε 5 συμμετοχές στη Δ’ Εθνική, αλλά τη σεζόν 2016-17 κατέκτησε το πρωτάθλημα στην Πέλλα και κέρδισε τον προβιβασμό του στη Γ’ Εθνική. Κορυφαία στιγμή για το σύλλογο ήταν η κατάκτηση του Βαλκανικού Κυπέλλου το 1993.