Ο ΓΣ Ερμής Αμυνταίου είναι ιδρύθηκε το 1926, αν και πρωτοεμφανίστηκε το 1923 με υποτυπώδη οργάνωση μικρών ποδοσφαιρικών ομάδων στις γειτονιές. Οι Αμυντιώτες πήραν μαθήματα ποδοσφαίρου από Άγγλους στρατιώτες που είχαν στρατοπεδεύσει το 1920 στην περιοχή. Την εξαετία 1926-1932 κυριάρχησε στο πρωτάθλημα Δυτικής Μακεδονίας. Συμμετείχε στη Γ’ Εθνική το 1966-67, και στη Δ’ Εθνική μετρά αρκετές συμμετοχές τη δεκαετία του 1990. Το 2016-17 κατέκτησε το πρωτάθλημα στη Φλώρινα και κέρδισε την επιστροφή στη Γ’ Εθνική.