Η Α.Ε. Ερμιονίδας είναι η νεότερη ομάδα του τρίτου ομίλου της Γ' Εθνικής, καθώς ιδρύθηκε το 2011, μετά τη συγχώνευση τεσσάρων συλλόγων της περιοχής: του Γ.Σ. Ερμή Ερμιόνης, της Α.Ε. Κρανιδίου και του Αστέρα Θερμησίας. Τα χρώματά της είναι μπλε-κίτρινο και στο σήμα της ομάδας είναι ο Ερμής από τον Ερμή Ερμιόνης και το κίτρινο δάφνινο στεφάνι που είναι γύρω από το κεφάλι του είναι το σήμα της ΑΕ Κρανιδίου.
Τη σεζόν 2013-14 έπαιξε στη Γ΄ Εθνική Ερασιτεχνική Κατηγορία και κατάφερε να πάρει την άνοδο στη Φούτμπολ Λιγκ, όπου και αγωνίστηκε για μία περίοδο στον Νότιο όμιλο. Εκεί, τερμάτισε στην πέμπτη θέση, έπαιξε στα μπαράζ παραμονής και υποβιβάστηκε και πάλι στην Γ' Κατηγορία.