Η έδρα του Αιγινιακού είναι το Αιγίνιο, κωμόπολη του Νομού Πιερίας. Ο σύλλογος ιδρύθηκε το 1972 ύστερα από την συγχώνευση δύο ομάδων της περιοχής, του Εθνικού και του Διγενή. Η πρώτη παρουσία της ομάδας στη Γ' Εθνική ήταν την περίοδο 1989 – 1990. Ύστερα από αυτή την επιτυχία οι οπαδοί της έπρεπε να περιμένουν 22 χρόνια για να ξαναδούν τον Αιγινιακό σε «μεγάλη» κατηγορία.
Συγκεκριμένα τον Ιούλιο του 2012 υπήρξε συνεργασία ανάμεσα στον Αιγινιακό και της Ακαδημίας Πλαταμώνα η οποία είχε κερδίσει τη συμμετοχή της στην Football League, αλλά λόγω διοικητικών προβλημάτων δεν μπορούσε να ανέβει κατηγορία. Αποτέλεσμα αυτής της συμφωνίας ήταν η παρθενική παρουσία του Αιγινιακού στη Β’ Εθνική τη σεζόν 2013 – 2014. Φέτος αγωνίζεται στη Football League για δεύτερη φορά στην ιστορία του.