Η συγχώνευση του Κάδμου Θηβών και του Ιωνικού Αστέρα έφερε το 1968 την ίδρυση του Α.Ο. Θήβας. Τα χρώματα της ομάδας είναι το βυσσινί, το μαύρο και το άσπρο κι έχει για σήμα την ασπίδα.
Ο σύλλογος της Θήβας μετρά τρεις συμμετοχές στο πρωτάθλημα της Β' Εθνικής, τις σεζόν 1969-70, 1972-73 και 1982-83, χωρίς να καταφέρει καμία από αυτές να παραμείνει στην Κατηγορία. Έχει καταφέρει να κατακτήσει το Κύπελλο Βοιωτίας δέκα φορές, ενώ το 1991 ήταν φιναλίστ στο Κύπελλο Ερασιτεχνών Ελλάδος.
Στις 31 Ιανουαρίου του 2012 κι ενώ αγωνιζόταν στον 7ο όμιλο της Δ' Εθνικής, το ποδοσφαιρικό τμήμα του Α.Ο. Θήβας έκλεισε λόγω οικονομικών προβλημάτων, τα οποία, ωστόσο, ξεπεράστηκαν στη συνέχεια.