Ο Ερμής Ζωνιανών ιδρύθηκε το 1964 από μία ομάδα κατοίκων του χωριού. Το χωριό αυτό ανήκει στον νομό Ρεθύμνης και βρίσκεται σε υψόμετρο 630 μέτρων στο βουνό Ψηλορείτης. Στη τελευταία απογραφή ο πληθυσμός των Ζωνιανών ήταν 1358 κάτοικοι. Η ομάδα του Ερμή Ζωνιανών κατέκτησε το πρωτάθλημα Ρεθύμνου την περίοδο 2011 – 2012 κερδίζοντας έτσι τη συμμετοχή της στο πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής. Η μεγαλύτερη διάκριση της τοπικής ομάδας ήρθε την σεζόν 2013 – 2014 όπου και αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην Γ’ Εθνική κατηγορία, ενώ νωρίτερα είχε κατακτήσει το Σούπερ Καπ Ρεθύμνου.