Η ποδοσφαιρική ομάδα του Πανελευσινιακού ιδρύθηκε το 1931 μετά από τη συγχώνευση δύο σωματείων, της Ποδοσφαιρικής Ένωσης Ελευσίνας και του Κελεού Ελευσίνας. Ιδρυτής και πρώτος πρόεδρος ήταν ο Γιώργος Παύλου, επιφανής αθλητικός παράγοντας της εποχής (Σ.Ε.Γ.Α.Σ., Ε.Π.Ο.) και μετέπειτα δήμαρχος Ελευσίνας. Η πρώτη συμμετοχή των «σταχυοφόρων» στη Γ’ Πειραιώς καταγράφεται την περίοδο1938-39.

Οι πιο σημαντικές στιγμές στην ιστορία της ομάδας είναι οι τρεις συμμετοχές στην Α’ Εθνική (1961-62, 1967-68 και 1998-99). Το 2001-02 υποβιβάστηκε στη Δ’ Εθνική και έκτοτε πέρασαν 13 χρόνια πριν επιστρέψει στις επαγγελματικές κατηγορίες. Από το 2015-16 αγωνίζεται στη Football League.