Το 1957 στη Διασταύρωση Ραφήνας, στο σημείο που διασταυρώνονται δύο οδικοί άξονες , αυτός της Αθήνας – Μαραθώνα και αυτός της Λεωφόρου Μαραθώνος -  Λιμάνι Ραφήνας , δημιουργήθηκε η Θύελλα Ραφήνας. Μέχρι το 1979 η ομάδα δεν άνηκε σε κάποια Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων. Το 1980 εντάχθηκε Γ’ κατηγορία της Ε.Π.Σ.Α. Από το 2000 μέχρι το 2008 η Θύελλα αγωνίστηκε στη Β’ κατηγορία της ΕΠΣΑΝΑ Τη σεζόν 2008 – 2009 αγωνίστηκε στη Α’ ΕΠΣΑΝΑ και τη σεζόν 2012 – 2013 κερδίζει το πρωτάθλημα με αποτέλεσμα να ανέβει για πρώτη φορά στην Γ’ Εθνική κατηγορία. Σε αυτή έμεινε μία αγωνιστική περίοδο καθώς υποβιβάστηκε στην Α’ κατηγορία ΕΠΣΑΝΑ. Επέστρεψε όμως στην Γ’ Εθνική δύο χρόνια μετά, μιας και αναδείχθηκε πρωταθλήτρια στην Α’ ΕΠΣΑΝΑ για τη σεζόν 2015 – 2016.